コミックマーケットに出展される同人誌は実に多岐多様に分かれています。そんな同人誌を少しでも効率よく系統ごとにまとめるために、「ジャンルコード」というものが与えられています。日程分けもジャンルコードに沿って分類されています。下の表はコミックマーケットで分類の基準になっているものの概略です。

• 創作
  オリジナルのマンガや小説を扱う。少年、少女、JUNEで分類される。
• 学漫
  大学・高校などのマンガ研究会
• 評論・情報
  郵便や旅行、医療、服飾、飲食物など様々な内容のものについて扱う。
• ＦＣ
  商業誌をベースとした同人誌群。少年、少女、青年誌、小説で分けられる。特定作品、特定作者については独自のジャンルが設けられることがある。
• アニメ
  アニメをベースとした同人誌群。少年・少女・その他に分けられる。人気作品については独自のジャンル番号が与えられる。
• ゲーム
  ゲームをベースとした同人誌群。格闘、ＲＰＧ、育成のほか、電源不要のボードゲーム・カードゲーム、Ultima Onlineなどのオンラインゲーム、これらに当てはまらないその他に分けられる。人気ある作品やメーカーのものについては独自のジャンル番号が与えられる。
• ギャルゲー
  ときめきメモリアルやTo Heartなどのギャルゲーに割り当てられるジャンル。初出がパソコンか家庭用ゲーム機かによってジャンルが分けられる。
• 男性向
  創作、アニメ、ゲームで男性向け作品群にあてられるジャンルコード。
• 歴史
  歴史・歌舞伎について扱う同人誌群。
• 創作（文芸・小説）
  オリジナルの創作物を扱うもの。詩・俳句・短歌・替え歌・放送劇など。
• ＳＦ・ファンタジー
  ＳＦ・ファンタジーについて扱う同人誌群。
• 特撮
  戦隊ものなどの特撮や、アメリカンコミックを扱う同人誌群。
• 鉄道・メカミリタリー
  鉄道・軍事もの以外に、バス・モータースポーツ・おもちゃ・ガレージキット・車・バイクを扱う同人誌群。
• 音楽
  洋楽・邦楽、男性アイドルによってジャンルが分けられる。主に女性読者層を想定したジャンル。
• TV・映画・芸能
  必殺・舞台・演劇・ミュージカル・宝塚・女性アイドル・女性アーティスト・お笑い番組・吉本を扱うジャンル。
• スポーツ
  スポーツ一般の他、Ｆ１・相撲・競馬を扱うジャンル。
• その他

　ジャンルコードは申し込みの段階で書かねばならず、複数のジャンルにまたがる内容の場合、メインとするジャンルを決めてから申し込まなければなりません。ジャンルコードの補足項目をよく読み、自分のサークルにふさわしいジャンルを見つけだしてください。
　注意してほしいことは、回ごとにジャンルコードが違うことがあるということです。たとえば人気が出てきたために独立コードが与えられたり、音楽グループ「野猿」のように分類の都合上「TV・映画・芸能」から「音楽（洋楽・邦楽）」に移動する、などです。このほか、「カードキャプターさくら」では「なかよし」本誌の内容を扱う場合(CLAMP)と「アニメ版」を扱う場合(アニメ（少女）)ではジャンルコードが変わります。つまり、慣性でジャンルコードを書かず、必ずコミックマーケットの参加申込書セットにある「ジャンルコード一覧」を読んでから記入することが大切です。

（※ジャンルコードは「CLAMP作品」など作家単位でくくられていることも多いそうです。）